Usługi

Selvita posiada wieloletnie doświadczenie w rozwoju testów biologicznych in vitro, wysokoprzepustowych badaniach związków do formatu płytek 1536-dołkowych (screening) oraz profilowaniu związków małocząsteczkowych. Wszystkie te usługi są dostosowywane do specyficznych potrzeb Klienta.

Stworzyliśmy solidną infrastrukturę zarządzania związkami chemicznymi wspierającą przetwarzanie próbek w stojakach laboratoryjnych, probówkach i na płytkach laboratoryjnych. Wykorzystujemy w pełni zautomatyzowaną platformę HTS, która umożliwia testowanie 10000 związków dziennie z szerokiego zakresu assayów biochemicznych i komórkowych. Wspieramy projekty naszych klientów screeningiem HCS w ramach innowacyjnego laboratorium HCS i generujemy nowoczesne skrypty oparte o nauczanie maszynowe, dzięki czemu ulepszamy obraz analizy typów komórek.

Selvita zainicjowała stworzenie nowej biblioteki HTS, która będzie powiększana i ulepszana w celu zapewnienia idealnych zasobów do identyfikacji cząsteczek aktywnych. Ten zbiór cząsteczek zasilany jest przez bibliotekę FideltaMacro™ zawierającą ponad 1300 zróżnicowanych cząsteczek makrocyklicznych.

Zespół naukowców Selvity łączy szeroką wiedzę specjalistyczną z wielu obszarów: biologii molekularnej, biochemii, immunologii i biologii komórki, co pozwala na kreatywne rozwiązywanie pojawiających się problemów naukowych. Posiadamy udokumentowane doświadczenie w rozwoju metod dla szerokiego zakresu celów molekularnych, w tym enzymów (kinazy, fosfatazy, enzymy metaboliczne oraz o funkcjach immunomodulujących) i receptorów białkowych (receptory sprzężone z białkami G, receptory jądrowe). Najnowocześniejszy sprzęt Selvity umożliwia rozwój metod opartych o zróżnicowane sposoby detekcji w celu jak najefektywniejszego wsparcia programów odkrywania leków naszych Klientów.

Selvita wspiera Klientów w doborze modeli komórkowych adekwatnych do mechanizmu biologicznego będącego przedmiotem zainteresowania (np. panele komórek nowotworowych określonego typu i/lub ze wspólnymi wzorcami mutacji DNA). Oferujemy produkcję i walidację rekombinowanych linii komórkowych z nadekspresją celów molekularnych oraz produkcję białek rekombinowanych. Nasze strategie rozwoju metod oparte są o wydajne i skuteczne protokoły. Wieloczynnikowe projektowanie eksperymentów (ang. multi-factor design of experiments) maksymalnie przyspiesza proces optymalizacji. Opracowane metody są walidowane z zastosowaniem szeregu parametrów statystycznych (m. in. IC50/EC50; mRSD; stosunek S/N; parametr Z’; jednorodność) przed rozpoczęciem rutynowych analiz związków.

Chemia medyczna to interdyscyplinarna dziedzina nauki, która odgrywa obecnie kluczową rolę w procesie odkrywania leków. W tym obszarze naukowcy Selvity podążają ścieżką opartą na danych i hipotezach tworząc obiecujące cząsteczki oraz optymalizując ścieżki syntezy. Wszystko po to, aby zwiększyć szansę odkrycia cząsteczki, która będzie miała potencjał terapeutyczny. Specjalizujemy się w optymalizacji wieloparametrowej opartej o analizy danych biologicznych, strukturalnych i fizykochemicznych. Używamy do tego wyników badań ADME, komputerowego wspomagania projektowania leków, biologii strukturalnej, badań biologicznych in vitro i in vivo oraz modeli chorób, aby udoskonalić nasze myślenie i poprawić projektowanie nowych generacji cząsteczek. Skuteczność realizacji projektów zależy w dużej mierze od jakości infrastruktury, ale jeszcze bardziej od jakości i pasji pracujących nad nimi naukowców. Dzięki umiejscowieniu laboratorium chemii medycznej oraz laboratoriów biologicznych w jednym ośrodku badawczym w Krakowie, naukowcy wszystkich specjalności zaangażowani w proces odkrywania leku mogą bez przeszkód współpracować ze sobą, dyskutować nowe pomysły czy przezwyciężać trudności. Takie interakcje podnoszą efektywność cyklu badawczego. Mamy wieloletnie doświadczenie w wydajnych syntezach wielu typów związków, w tym między innymi:

• związków heterocyklicznych,
• makrocyklicznych,
• peptydach,
• sterydach,
• nukleozydach oraz wielu innych.

Naszym silnym atutem jest „nieszablonowe” myślenie i stosowanie najnowszych technik, takich jak chemia przepływowa, elektrochemia i fotochemia, w których klasyczne metody okazały się ograniczone.

Dział Biologii w Selvicie oferuje wsparcie na wszystkich etapach odkrywania nowych leków – od walidacji celu molekularnego, aż po nominację kandydata przedklinicznego. Przy poszukiwaniu aktywnych farmakologicznie związków, stosujemy podejście „od białka do komórki”.

Produkujemy białka rekombinowane, które następnie mogą być używane podczas badań biochemicznych czy biofizycznych, jak również wysokowydajnych badań przesiewowych (HTS). Prowadzimy również badania krystalograficzne począwszy od produkcji białka aż po rozwiązaną strukturę.

Selvita posiada bogate doświadczenie w prowadzeniu badań komórkowych pozwalających ocenić aktywność związków w różnych modelach. Może je wykonywać także w trybie wysokoprzepustowym (HTS). Nasze repozytorium obejmuje ponad 200 rekombinowanych linii komórkowych obejmujących różne modele chorób. Oferujemy produkcję rekombinowanych linii komórkowych wykazujących ekspresję wymaganych białek.

Ponadto używamy komórek pierwotnych pochodzenia ludzkiego (z krwi) lub zwierzęcego (gryzonie) w szczególności w badaniach dotyczących układu nerwowego (CNS). Selvita oferuje badania przy użyciu wielu nowoczesnych metod odczytu sygnału. Stosujemy miedzy innymi klasyczną fluorescencję, technikę TR-FRET, bioluminescencyjne geny reporterowe czy technologię Alpha-lisa. Badania możemy prowadzić w trybie średnio- i wysokoprzepustowym aż do wykorzystania płytek 1536 dołkowych – w zależności od możliwości miniaturyzacji testu.

Oferujemy badania biologiczne, które są wykorzystywane na wszystkich etapach procesu odkrywania leków. Również w matrycach biologicznych. Na etapie optymalizacji związku leadowego oraz poprzedzając etap przedkliniczny wykonujemy badania farmakokinetyczne łącznie z interpretacją danych a także badanie biomarkerów w studiach farmakodynamicznych w różnych obszarach terapeutycznych (między innymi w onkologii i CNS).

Dzięki opracowaniu licznych modeli zwierzęcych na przestrzeni 10 lat działalności oraz doświadczeniu zdobytemu w przemyśle farmaceutycznym, biotechnologicznym jak i w środowisku akademickim, nasz wyspecjalizowany zespół farmakologii in vivo wspiera projekty odkrywania leków, w pełni zintegrowane z innymi dyscyplinami przedklinicznymi.

Głównymi obszarami naszej wiedzy specjalistycznej w zakresie farmakodynamiki są stany zapalne, infekcje oraz zwłóknienia. Zamierzamy rozszerzyć działalność na dodatkowe obszary terapeutyczne w 2021 r. Stosujemy kompleksowe podejście do pierwotnego i wtórnego profilowania farmakodynamicznego związków, aby zapewnić generowanie wysokiej jakości danych dotyczących chorób człowieka. Nasza specjalistyczna wiedza w zakresie selekcji i walidacji translacyjnych biomarkerów, daje pewność płynnego przejścia kandydującej cząsteczki do kliniki.

Dopasowujemy indywidualnie badania skuteczności lub pakiety farmakologiczne in vivo do konkretnych potrzeb klientów. Badanie efektywności związku chemicznego obejmuje pełny pakiet zautomatyzowanych analiz biochemii klinicznej, hematologii i krzepliwości, a także histopatologii i szeregu technik biologii molekularnej.

Nasz zespół toksykologii wspiera zintegrowane projekty odkrywania leków poprzez prowadzenie standardowych, ale także nieszablonowych badań na gryzoniach.

Naszym główym celem jest wywiązanie się ze zobowiązań w zakresie zapewnienia bezpieczeństwa in vivo poprzez zaprojektowanie dedykowanego panelu badań. Oferujemy usługi dopasowane do potrzeb klienta, zapewniające rozwiązanie problemu badawczego oraz zintegrowaną ocenę wielu punktów końcowych (ogólna toksykologia, patologia, parametry DMPK).

Doświadczenie z różnymi celmi i mechanizmami molekularnymi sprawia, że umiemy sobie radzić z nieoczekiwanymi wynikami lub problemami toksykologicznymi w trakcie projektu badawczego.

Eksperymenty in vivo są prowadzone przez Fideltę, spółkę będącą częścią Grupy Selvita, w akredytowanym przez AAALAC-I nowoczesnym obiekcie dla zwierząt (BSL2) z wykwalifikowanym personelem weterynaryjnym, technikami laboratoryjnymi i personelem posiadającym certyfikaty szkolenia odpowiadające kategoriom FELASA od A do D. Badania w zwierzętarni oparte są na zasadach 3R i utrzymują wysokie standardy zapewniające dobrostan zwierząt oraz ich humanitarne i etyczne wykorzystanie w badaniach naukowych.

Selvita oferuje standardowy panel testów ADME in vitro, które można dostosować do wymagań klienta, oraz zapewnia kompleksowe wsparcie bioanalityczne w oparciu o platformę spektrometrii mas.

Naszą celem jest skuteczne wspieranie klientów w trakcie procesu opracowywania leków poprzez stosowanie najnowocześniejszych technologii do badań oraz dostarczanie wysokiej jakości wyników generowanych przez doświadczony zespół specjalistów ADME.

Badania ADME są oferowane jako samodzielne projekty (w oparciu o cennik usług) lub jako część większych projektów, obejmujących również aktywności w innych obszarach. Niezależnie od modelu współpracy, poprzez możliwość modyfikowania protokołów badań zapewniamy elastyczne podejście do specyficznych potrzeb klienta. Oferujemy również gotowe pakiety badań ADME oraz farmakokinetycznych, które mogą zostać odpowiednio zmodyfikowane według potrzeb klienta.

Pakiet zakłada wielopoziomowe podejście w zależności od fazy odkrywania leku, jak również  optymalizację właściwości związków metodą SAR. Selvita może dostarczyć pełny lub częściowy pakiet ADME / PK, a także poszczególne elementy (np. analiza moczu, stabilność tkanek i inne) na życzenie Klienta lub w oparciu o decyzje zespołu projektowego.

Nasi eksperci z zakresu ADME / PK oferują wsparcie w wytypowaniu najlepszych związków do fazy optymalizacji związku wiodącego (LO) i eksperymentów farmakodynamicznych in vivo. Nasze możliwości bioanalityczne obejmują analizy małych cząsteczek wspierające zarówno badania non- GLP, jak i GLP, w tym szeroki zakres usług, od prostych analiz jakościowych do złożonej walidacji metod analitycznych. Selvita ma również bogate doświadczenie w przygotowywaniu próbek z wykorzystaniem materiałów biologicznych.

Badania ADME:

Profilowanie fizykochemiczne

• rozpuszczalność kinetyczna
• rozpuszczalność termodynamiczna
• lipowilowość (LogD/LogP)
• oznaczanie pKa

Badania metabolizmu in vitro oraz interakcji między lekami

• PAMPA GI
• PAMPA BBB
• Caco-2
• MDR1-MDCKII
• stabilność mikrosomalna
• stabilność wobec frakcji S9
• stabilność wobec hepatocytów
• fenotypowanie reakcji oksydazy aldehydowej (aldehyde oxidase)
• stabilność w plazmie
• profilowanie oraz identyfikacja metabolitów

Badania wiązania in vitro

• wiązanie do białek osocza – szybka dializa równowagowa
• wiązanie do białek osocza – badanie wysokiej czułości
• wiązanie do tkanek – szybka dializa równowagowa
• inhibicja cytochromu P450 (różne izoformy)

Badania bioanalityczne

• Rozwój/transfer metod
• Weryfikacja metod
• Walidacja metod
• Analiza jakościowa
• Analiza ilościowa

Matryce

Osocze oraz homogenaty tkanek

Dział Biochemii Selvity ma wieloletnie doświadczenie we wspieraniu projektów badawczych mających na celu rozwój biologicznie aktywnych cząsteczek chemicznych w przemyśle farmaceutycznym, agrochemicznym i biotechnologicznym. Obszerna wiedza i doświadczenie, połączone z wysoce wykwalifikowaną i ukierunkowaną na sukces kadrą naukową stanowią idealną kombinację pozwalającą na realizację zleconych projektów.

Nasze usługi wspierają rozwój nowych aktywnych cząsteczek poprzez dostarczanie wysokiej jakości białek rekombinowanych oraz szczegółowych informacji strukturalnych. Adaptacyjne procesy badawcze stosowane w Selvicie pozwalają na dostarczanie rekombinowanych białek dla różnorodnych celów badawczych, takich jak eksperymenty krystalograficzne, biofizyczne, enzymatyczne czy też in vivo. Usługi w obszarze krystalografii białek i ich kompleksów dostarczają kluczowych informacji strukturalnych w celu walidacji wyników eksperymentów przesiewowych (hit validation), rozwoju chemicznej struktury aktywnych cząsteczek (hit-to-lead development) oraz ich optymalizacji (lead optimization).

Produkcja białek rekombinowanych

Wieloletnie doświadczenie i specjalizacja naszego zespołu naukowego połączone z eksperymentalną pracą na szerokim wachlarzu białek rekombinowanych pozwala na osiągnięcie założonych celów projektu. Nasza oferta obejmuje:

• Prokariotyczne ( coli) i eukariotyczne (komórki owadzie i ssacze) systemy produkcji białek rekombinowanych
• Produkcję białek dostosowanych do potrzeb Klienta w skali od miligramów do dziesiątek miligramów
• Opracowanie i optymalizację protokołów oczyszczania w celu osiągnięcia jak najlepszej jakości białka (zwykle czystość powyżej 90-95%)
• Liczne modyfikacje produkowanych białek rekombinowanych (np. metki, znakowanie nieradioaktywnymi izotopami – ¹⁵N, ¹³C, niski poziom endotoksyn w końcowym produkcie),
• Standardową Kontrolę Jakości oceniającą stężenie i czystość białka, a także jego stabilność, homogenność i stan oligomeryczny
• Szczegółowe raporty

Krystalografia makromolekuł

Badania strukturalne za pomocą krystalografii rentgenowskiej są u nas prowadzone przez zespół naukowców z wieloletnim międzynarodowym doświadczeniem, którzy w sumie opracowali ponad 200 struktur białek i ich kompleksów oraz opublikowali ponad 60 artykułów naukowych. W obszarze krystalografii nasze usługi obejmują:

• Poszukiwanie warunków krystalizacyjnych w formacie 96-dołkowym za pomocą robota krystalizacyjnego
• Optymalizację zidentyfikowanych warunków krystalizacyjnych, np. systematyczne zmiany parametrów chemicznych czy też szczepienie roztworu (seeding)
• Regularny dostęp do pomiarów synchrotronowych w Europie
• Przetwarzanie i analiza danych krystalograficznych za pomocą XDS i pakietu CCP4
• Rozwiązywanie struktur za pomocą podstawienia molekularnego i eksperymentalnego wyznaczania faz
• Rozwiązywanie struktur kompleksów białko-małocząsteczkowy związek chemiczny, białko-białko oraz białko-kwas nukleinowy
• Szczegółowe raporty

NMR w procesie odrywania leków

• NMR w procesie FBDD (Fragment Based Drug Discovery)
• NMR w interakcjach ligand-receptor

Odkrywanie leków wspomagane narzędziami Chemii Komputerowej Centrum komputerowego wspomagania projektowania leków (CADD) Selvity zostało utworzone w celu wspierania wspólnych badań chemików medycznych, biologów, biofizyków, biologów strukturalnych i naukowców zajmujących się obliczeniami. W procesie odkrywania leków CADD jest zwykle stosowany do trzech głównych celów:

1. charakterystyki fizykochemicznej i strukturalnej związków z różnych bibliotek, a następnie filtrowania dużych bibliotek związków celem wytypowania związków aktywnych, które będzie można testować eksperymentalnie;
2. analizy SAR mającej na celu optymalizację związków w celu zwiększenia ich powinowactwa lub optymalizacji metabolizmu leku i właściwości farmakokinetycznych (DMPK), w tym wchłaniania, dystrybucji, metabolizmu, wydalania i potencjalnej toksyczności (ADMET);
3. projektowania nowych związkow za pomocą różnorodnego zestawu narzędzi obliczeniowych.

Najnowsze osiągnięcia, takie jak AI (Sztuczna Inteligencja), QSAR, chemia kombinatoryczna, różnorodne bazy danych i dostępne nowe narzędzia programowe stanowią podstawę do projektowania ligandów i inhibitorów, charakteryzujących się specyficznością i nowością.

Podczas etapów identyfikacji cząsteczek aktywnych (hit) oraz optymalizacji cząsteczek wiodących (H2L/LO) w fazie przedklinicznej CADD korzysta z następujących narzędzi:

• projektowanie leków oparte na ligandach (LBDD)
• projektowanie leków oparte na strukturze ()
• modelowanie homologiczne
• chemoinformatyka
• prognozowanie fizykochemiczne in silico
• prognozowanie in silico ADMET (absorpcja, dystrybucja, metabolizm, wydalanie i toksyczność)
• dedykowane biblioteki zaprojektowane do badań przesiewowych lub syntezy (in silico lub ze wsparciem chemii medycznej)
• HTS – wysokowydajne badania przesiewowe (zatwierdzenie i rozwój cząsteczek aktywnych HIT w celu zapewnienia punktów wyjścia dla konkretnego projektu)
• analiza SAR i propozycja nowych związków w ramach obecnie badanych i/lub nowych serii chemicznych (zastąpienie bioizosterów, scaffold hopping)
• ilościowe zależności struktura-aktywność (QSAR)
• ilościowe zależności struktura-właśność (QSPR)
• wsparcie NMR w procesie FBDD (Fragment Based Drug Discovery)

Co najważniejsze, nasi chemicy obliczeniowi i medyczni współpracują ściśle ze sobą podczas interaktywnych sesji projektowania molekularnego, aby szybko generować hipotezy dotyczące projektów leków molekularnych, które są natychmiast oceniane w odpowiednich modelach in silico, zanim cząsteczki zostaną uszeregowane pod względem priorytetów i wybrane do syntez w naszych laboratoriach lub zostaną zakupione. Korzystając z różnorodnego zestawu dostępnych narzędzi do chemii obliczeniowej, które mają zastosowanie w danym projekcie, pomagamy chemikom medycznym w przyspieszaniu procesu optymalizacji.

Odkrywanie leków wspomagane narzędziami Sztucznej Inteligencji

W Selvicie poza szerokim wykorzystaniem tradycyjnych metod chemii obliczeniowej, używamy również technik obliczeniowych bazujących na sztucznej inteligencji i uczeniu maszynowym. Podejście takie jest szczególnie użyteczne przy projektowaniu dedykowanych bibliotek do badań przesiewowych (focused libraries), jako wsparcie podczas procesu optymalizacji cząsteczek bądź do przewidywania własności ADMET.

Jako że głównym zadaniem metod opartych o sztuczna inteligencję jest odnajdywanie asocjacji pomiędzy pozornie niepowiązanymi informacjami, są one również bardzo użyteczne w procesie dekonwolucji białkowego celu molekularnego (target deconvolution). Badania wykorzystujące sztuczną inteligencję oraz uczenie maszynowe są wykonywane we współpracy z ARDIGEN – firmą należącą do GRUPY KAPITAŁOWEJ SELVITA.