Analiza strukturalna białek

Dichroizm kołowy

Selvita oferuje badania obecności struktur drugorzędowych w białkach (helisa α, β-harmonijka, region nieuporządkowane metodą dichroizmu kołowego (DK).

DK w dalekim nadfiolecie (190-240 nm) koresponduje do absorbcji wiązań peptydowych i pozwala oszacować procentową zawartość helis α , β-harmonijek, skrętów i regionów nieuporządkowanych.

DK w bliskim nadfiolecie (250-320 nm) odzwierciedla otoczenie łańcuchów bocznych aminokwasów aromatycznych i pozwala oszacować strukturę trzeciorzędową badanych białek.

Analiza krystalograficzna białek

Nasza oferta obejmuję zarówno badania kontraktowe jak i podejmowanie współpracy na wykonanie projektów badawczych w zakresie krystalografii białek. Podejmujemy kompleksowe działania prowadzące do uzyskania wysokorozdzielczych struktur krystalograficznych białek, zarówno w formie apo, jak w kompleksach z ligandami (małocząsteczkowymi, oraz innymi białkami).

Dodatkowo nasza oferta zawiera kompleksowa analizę uzyskanych wyników, charakteryzację miejsca wiązania, sugestię dalszego rozwoju potencjalnych inhibitorów oraz analizę in silico obejmującą optymalizację ligandów wraz z dokowaniem ich do struktury modelowej. Pełne zrozumienie mechanizmu wiązania i jego kluczowych elementów, jest bardzo ważne w podejściu projektowania leków w oparciu o dane strukturalne (structure-based drug design).

Selvita przeprowadza również badania porównawcze leków biopodobnych na poziomie strukturalnym. Tego rodzaju analizy są niezbędne w przypadku wprowadzania na rynek nowych leków generycznych (np. porównanie struktury nowego analogu lidzkiej insuliny z naturalną ludzką insuliną).

Przesiewowe ustalanie warunków krystalizacji, ponad 1000 warunków krystalizacyjnych jest testowanych w celu ustalenia optymalnych dla danego białka.

Optymalizacja wstępnych warunków krystalizacyjnych wraz ze wstępnymi pomiarami dyfrakcyjnymi, wyznaczenie struktury krystalograficznej białka wymaga otrzymania wysokiej jakości kryształów, które uzyskuje się poprzez optymalizację wstępnie wybranych warunków z eksperymentów przesiewowych.

Pomiary dyfrakcyjne wraz z rozwiązaniem struktury białka, zestaw danych dyfrakcyjnych jest generowany na podstawie pomiarów z wykorzystaniem promieniowania synchrotronowego. Na jego podstawie rozwiązywana jest struktura przestrzenna badanego białka przy pomocy (najczęściej) metody podstawienia molekularnego (jeżeli model jest dostępny).